ボカンシリーズにおける黒歴史
・タイムボカン （セル画の配色ミスについてはこちら）
五悪
マージョ一味がデザインされた初期稿において、彼等は五人組の悪役として設定されていた。ボツになった残りの２名についても、きちんとデザインがされてあった。
チョロ坊
タイムボカンの番組宣伝用に作られたポスター（初期）に登場しているチョロ坊は、今の姿とは似ても似つかない全く別のデザインをしていた。丹平と淳子とペラ助も微妙に色が違っている。原因は、このポスターに登場したキャラ達が、全て決定稿前のデザインで登場していたためであった。
前期OPについて
タイムボカンのOPは確認されているだけでも前期と後期の２種類が存在しますが、今まで発売されてきたLD・DVDでは全話が後期のバージョンに統一されています。DVDでは、具体的な変更時期を把握している当時のスタッフが誰もいなかったということで、映像特典扱いで前期のバージョンが収録されてましたが、ドタバッタンやクワガッタンがいる点から察すると、クワガッタンが初登場した、もしくはその次の回から変更されたのではないかと思われる。（情報提供：田河春乃助さん）
淳子ちゃんの髪の色
本編では青ですが、ＯＰの一部（タイムスリップ時にメカの中であちこちに吹き飛ばされているところ）では金髪になっています。（情報提供：クリフさん）
これは、タイムボカンの前身企画である『タンマー大混戦』時のパイロットフィルムがそのまま流用されてしまったために起こった現象である。
ガイコッツのコクピット
タイムボカン前期ＯＰにおいて、ガイコッツのコクピットがちょっとだけ映りますが、これが本編のものと違います。ワルサーが前列中央の一番目立つところに座っており、その後ろにマージョとグロッキーが座っています。お馴染みの赤いソファーも無しです。これは淳子の髪の色と同じ理由と思われます。ちなみに後期ＯＰでは、ドタバッタンとクワガッタンのスキャニメイト映像に差し替えられ、このコクピットの映像はなくなってしまいました。（情報提供：やまさん）
ワルサーの服
タイムボカンのオープニング(タイムガイコッツのコックピットが映っている方)で、中央でタイムガイコッツを操縦するワルサーの胸に、Uマークが描かれている。これはグロッキーにしかないはず。（情報提供：名無しマンさん）
歌詞の間違い
初期のタイムボカンのOPは、画面下部に表示されている歌詞が間違っている。
実際の歌詞 ： 「とにかくひとまず、なによりすなわち」
表示されている歌詞 ： 「とにかくなにより、ひとまずすなわち」
静かなサブタイトル
タイムボカンは毎回、番組冒頭でペラ助がその回のサブタイトルを読み上げてから開始されていたのだが、なぜか第１話ではサブタイトルを読み上げていなかった。
第１話のエンドクレジット
タイムボカン第１話のエンドクレジットで "クリステン 横沢啓子" と表記されていますが、クリステンは第１話には登場してません（第３話「恐怖の魔女狩りだペッチャ」で登場）。（情報提供：やまさん）
帰ってきたペラ助
タイムボカン第３話で、ペラ助はマージョに連れ去られているはずなのに、タイムボカン出発時にチョロ坊に抱えられて、丹平の横にわずかに見えている。
ペラ助は前半1分でシュークリーム型の罠で連れ去られ、同4分半で丹平たちがマージョ屋敷に踏み込んだときにはまさに出発するところでしたが、同5分半のタイムボカン出発時に確かにペラ助が見えていました。その直後には消えていましたが。（情報提供：ぺらさん、あっしーさん）
マージョ一味の殺人
第３話で、マージョ一味は預言者の変装をして村人達をそそのかすと、丹平たちを魔女狩りの裁判にかけた。しかし、嘘を見破られて村人達から責められると、一変して本性を現して村人達を攻撃。この時、鹿メカの火炎放射で、村人を一人確実に焼き殺してしまっている。
金角ロボが２体？
第４話に登場した金角ロボと銀角ロボがメカブトンと戦闘しているシーンで、最初メカブトンを投げ飛ばそうとしたのは銀角ロボだったが、途中で一瞬だけ金角ロボがメカブトンを持っていた。（情報提供：ブベンボーさん）
謎の組立員
タイムボカン第６話にて、ガイコッツの組立作業中にグロッキー＆ワルサー以外にも全身薄い水色の人のような連中がいたが、彼らはどこからあれを連れてきたのだろうか？ そしてその人のような物体は１回しか登場しなかった。（情報提供：匿名さん）
雇われ忍者の悲劇
第１０話で、マージョ一味は現代で忍者を数人雇うと、彼等と共に戦国時代へ向かった。しかし彼等は、本物の忍者である猿飛佐助に太刀打ちできず、そのままどこかへ逃げていった。その後、マージョ一味も丹平達も、それぞれ単独で現代に帰ってしまい、哀れ彼等は戦国時代に置き去りにされてしまったのであった。
メカブトンの瞬間移動
第１１話にて前半８分５７秒のメカブトンは明らかに水に浸かっていたはずなのに、その直後のシーンでは飛行していた。（情報提供：匿名さん）
メカコンドルのミサイル
第１１話に登場したマージョ一味の巨大メカ、メカコンドルと戦った丹平なのだが最初に戦った時、メカコンドルの放ったミサイルはメカブトンに避けられ川に落ちたのだが、何故か木が折れただけで爆発しなかった。その夜、メカコンドルが回りながらミサイルを乱射した時は大爆発をしていました。（情報提供：霙（みぞれ）さん）
サブタイトルのメカブトン
サブタイトル表示時は通常、最初にメカブトンのシルエットが映りますが、第１４話「ドラキュラが出たペッチャ」ではなぜかシルエットでなくメカブトンの姿がハッキリ映っています。（情報提供：やまさん）
ドクロファンファーレ
グロッキーが「今週のハイライト！」と叫んだ際に登場するファンファーレは、第１６話で初登場した際は、おもちゃの兵隊の格好をしていた。ドクロの格好をした御馴染みのファンファーレが登場するようになったは、第１８話からである。
手袋をはめていない丹平
第１９話「１０００年後のロボット国だペッチャ」で丹平達が何かのカプセルに入れられて、そのカプセルの中にいる時に丹平は手袋をしていなかった。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
グロッキーの耳
第２２話にてタイムガイコッツが爆発してマージョが出てきたとき、まだ魔法をかけられていなかったのに耳がロバっぽかった。（情報提供：匿名さん）
タヌキメカのヒゲ
第２８話『ジャックと豆の木大騒動だペッチャ』でマージョが動けなくなったタイムボカン１を見て、「ボカンめ、００作戦だよ。」と言った後に、タヌキメカの目が光り出し、タヌキメカの顔のアップでメカがエネルギーの燃料を飲んだのだが、目が光り出した時にはタヌキメカはヒゲが生やしていたが、燃料を飲む時にはヒゲなど１本もありませんでした。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
犬さらいの木江田博士
29話「枯れ木に花を咲かせるペッチャ」で、木江田博士達はダイナモンド探索のために、TV出演していた学者犬・ポチを借りて安土桃山時代の花咲か爺さんのところに連れて行きますが、最後に彼等が現代に帰る時、ポチはボカンに乗らず、花咲か爺さんの横にいました。借りてきた犬なのに、過去に置いてきちゃっていいのか？？（情報提供：やまさん）
消えた手袋
第３０話『赤頭巾ちゃん気をつけてだペッチャ』にて、自分がスクラップされると勘違いしたチョロ坊が乗るタイムボカン２『タイムドタバッタン』を追う事にした丹平達だが、丹平が「タイムボカン１で出発だ！」と言った時、丹平のあげた手には手袋をしていませんでした。突如、手袋を取ったのかと最初は思ってしまいました。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
入れ替わった座席
第３０話「赤頭巾ちゃん気をつけてだペッチャ」にて、グロッキーとワルサーが操縦するバクメカのコクピットからタイムメカブトンが来るのを見た時、２人の後姿が映っていましたが、その彼らが座っている位置が逆でした。一瞬だけなのか、突然２人の座る位置が変わっていたことが、黒歴史にならないでしょうか。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
蛇メカの放った火
第３３話「ビックリ！天女は宇宙人だペッチャ」で、天女の羽衣を見つけた漁師・岩根の家が、タイムガイコッツの蛇メカに火を放たれて燃やされていましたが、その後岩根がグロッキーの落としていった蛇メカ操作用の笛に気づいた時には、火はまったく燃えていませんでした。火消えるの早過ぎ…。（情報提供：やまさん）
怪奇、ペラ助が二匹に！？
第３４話で、木江田博士とペラ助は、念力写真装置を使ってダイナモンドがあった時代を思い出そうとした。この時、一瞬であるが、装置を頭につけたペラ助を、チョロ坊の肩の上にいるペラ助が見ているという不可解なシーンが登場した。
淳子の声
タイムボカンの淳子ちゃんの声を、３４〜３６話では、横沢啓子（現よこざわけいこ）さんが演じている。（情報提供：ルン太さん）
誘電の怪
タイムボカン第３４話「突撃！ヤマタのオロチだペッチャ」で、テントウキがタイムガイコッツの出した網に捕えられ、さらに電撃が流されていますが、この時テントウキの中にいた丹平が感電しています。（情報提供：やまさん）
実は本物だった？
第３５話『フランケン！がまんだペッチャ』にて、マージョ達がついにダイナモンドを手に入れたと思ったら、カラスメカの中で急に石になってしまう場面がありました。劇中ではダイナモンドはこの時代にもなかったと言うことでしたが、元々、ダイナモンドは宇宙から飛来してきた特殊な隕石で、地球の空気と大気に触れるにつれて輝きを失ってしまいます。もしかしたら、この回に出てきた突然石に変化した宝石は正真正銘のダイナモンドと考えられます。これは黒歴史にならないでしょうか。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
ダチョウメカの頭
第３６話『未来はヒヒの国だペッチャ』でダチョウメカの頭を取り付けるシーンがありますが、その前のマージョが「このメカお尻が重すぎやしないかい」と言った次のシーンでは既にダチョウメカの頭が取り付けられていました。（情報提供：駝鳥さん）
メカガッパのマワシ
第４０話で、マージョ一味の作ったメカガッパは、タイムワープする際にマワシを忘れていった。当然タイムワープ直後はマワシをつけていなかったのだが、なぜか戦闘シーンではマワシをつけていた。
メカガッパの最期
第４０話、空中爆発したメカガッパはガイコッツだけになって落下していったのだが、着地した時には、あるはずのない骨格があった。（情報提供：アステカの星さん）
投げたはずなのに……
第４２話「アパッチ谷の秘密だペッチャ」で、丹平達を追ってきたアパッチ族のひとり・ジェロニモが、持っていた斧を停止しているボカンに向かって投げつけますが、ボカンが動き出した直後に再びジェロニモが映った時、投げたはずの斧を持っていました。（情報提供：やまさん）
おにぎりはＮＧ？
タイムボカン第44話「サルカニ合戦だペッチャ」の前半5分半、丹平たちがおにぎりを食べていたときのやりとりです。
チョロ坊「ちぇっ、みんなはいいなぁ。ぼくはつまんないよ」
淳子「そうね、チョロ坊はおにぎりは食べられなかったのよね」
ペラ助「いいのいいの、チョロ坊はねえ、油でも飲ませとけばいいの」
チョロ坊は物を食べることができたはずですが、この場面には「？」と思いました。 ただ第2話のシュークリームはOKでもおにぎりは何らかの理由でNGということも考えられます。 これはどうなのでしょう？（情報提供：あっしーさん）
第４８話のクワガッタン
第４８話「足柄山の金太郎だペッチャ」でのメカ戦の時、空を飛んでいるクワガッタンが、背中からプロペラを出しているにもかかわらず羽が閉じたままになっていました。そのクワガッタンがガイコッツに撃たれて不時着した時、背中の羽がほんのちょっとだけメカブトンと同じ開き方をしました。さらにその後、コクピット内にいる丹平の握るレバーが、「ガチャッガチャッガチャッ」という音がしていながらまったく動いていませんでした。（情報提供：やまさん）
歴史を変えてしまった丹平たち
タイムボカン51話「月の世界は素敵だペッチャ」で、丹平達はダイナモンドを探すため月へ向かったが、この時、意図せずにアポロ１１号よりも先に月に着いてしまった。つまり、彼らは事実上、人類で初めて月へ降り立った事になり、歴史を変えてしまったのである。（情報提供：J1さん）
１文字足りないタイトル
第５３話のタイトルは「透明人間はつらいよペチャ」なのだが、なぜか本編で出ていたタイトルは「透明人間はつらいペチャ」と「よ」がなくなっている。
※ちなみにナレーション（ペラ助）も「透明人間はつらいよペチャ」といっているので、こちらのほうが正しいはずである。（情報提供：ブベンボーさん）
次回予告のミス
５３話「透明人間はつらいよペッチャ」の最期に次回予告された５４話「地底王国の謎だペッチャ」で、ペラ助は「地底国の謎だペッチャ」と次回予告のタイトルが間違えていた。（情報提供：Kazuto Aikawaさん）
次回予告のミス（２）
タイムボカン５６話「イースター島の巨人騒動だペッチャ」の前の回の次回予告で、「イースター島の巨石人だペッチャ」と次回予告のタイトルが間違っていた。（情報提供：J１さん）
シンドバットの船の帆
第６０話「シンドバットのロマンだペッチャ」で、シンドバットの乗る船の帆は模様が水色・白・水色・白だったのですが、シンドバットが帆を広げた時、なぜか模様が赤・白・赤・白になっていました。さらに、シンドバットが港を出た後で帆だけが大きく映った時、４本だった模様が白・水色・白の３本になっていました。（情報提供：やまさん）
ダイナモンドの謎（その１）
木江田博士がダイナモンドを発見した際、ダイナモンドは見渡す限りの一面にゴロゴロと転がっていた。しかし最終回で同じ場所を訪れた際には、ごく狭い範囲にまとまって置かれている状態になっていた。
ダイナモンドの謎（その２）
ダイナモンドの正体は隕石であり、地球の大気に触れることで成分が変化してただの石になってしまう。ということは、マージョの持っていたダイナモンドは、タイムワープを繰り返していた分、遊園地で発見されたダイナモンドよりも長く地球の大気に触れていたことになるはずだが、なぜか最終回で両方同時に石に変化してしまった。
ダイナモンドの謎（その３）
ダイナモンドは最終回で全て石に変化してしまったと思われているが、実はまだ一つだけ残されている可能性がある。それは、第６話で木江田博士が池に投げ入れたダイナモンドである。このダイナモンドならば地球の大気に触れていないので、元の姿のまま池の底に眠っている可能性が高いのである。
鈍感な木江田博士
博士は遊園地に２７話までずっといたのにもかかわらず、近くをジェットコースターが通りすぎるのに気がつかなかった。（情報提供：匿名さん）
マージョ一味＝ドロンボー？
タイムボカン最終回のＥＤにおいて、マージョたちはヤッターマンになるに当たってドロンボーの名前に改名してるという設定なのに、現在ではマージョ一味とドロンボーは３人とも全く別人になっている。（情報提供：ブベンボーさん）
シリーズ終了後の姿
LP版アターシャの結婚式において、丹平と淳子が婚約、ワルサーがプロレスのチャンピオンになったことが判明している。また、マージョ一味については、タツノコアニメワールド島において『タイム骨董なんでもや』の手伝いをしていたり、オーグオンシティのムース海岸で海の家を経営している姿が確認されている。